1x10 : En pleine Tempête (Première Partie) - The Storm Part 1-
L'équipe découvre un E2PZ sur une planète habitée par des hommes dont l'age maximum est de 26 ans.
1x09 : Retour sur Terre - Home -
L'équipe découvre un satellite ancien. A coté de celui-ci se trouve une planète sur laquelle l'équipe (Sheppard, McKay, et deux scientifiques) se pose. Seulement cette planète accueille depuis 10 000 ans un Wraith affamé.
Depuis déjà plusieurs missions l'équipe rencontre des Wraiths sur les mondes explorés. Il devient clair qu'une taupe est infiltrée sur Atlantis. Les Athosiens sont alors montrés du doigt.
La Cité Perdue a été localisée dans une nouvelle galaxie. Une nouvelle équipe se lance alors à la découverte de cette galaxie mais aussi de ses cruels ennemis.
1x04 : 38 Minutes - Thirty-Eight Minutes -
Teyla ne cesse de faire des cauchemars dans lesquels elle est attaquée par des Wraith ou pire dans lesquels elle est un Wraith.
1x08 : Apparences - Underground -
1x01 : Une Nouvelle Ere (Première Partie) - Rising Part 1 -
1x03 : Invulnérable - Hide and Seek -
1x02 : Une Nouvelle Ere (Seconde Partie) - Rising Part 2 -
1x07 : Sérum - Poisonning the Well -
1x18 : Sous Hypnose - The Gift -
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La cité est en mauvaise passe : Les Genii l'envahissent alors qu'un énorme cyclone se dirige vers elle.
L'équipe essuie les tirs de Dart au dessus d'une planète. c'est alors qu'une énorme vague d'énergie détruit les vaisseaux Wraith et par conséquent suave le Jumper et ses occupants.
Lors du retour d'une mission quelque peu tumultueuse, le Jumper reste coincé dans la porte des étoiles. La porte va se refermer dans 38 minutes, ce qui va entrainer la mort de l'équipage. Sheppard, lui, est gravement blessé par un gros insecte s'étant agrippé à son cou pendant cette mission.
La tempête s'approche dangereusement et Les Gennii dirigeant toujours la cité ordonnent à McKay d'activer le bouclier.
La cité commence à être en manque de nourriture. Ils explorent alors les planètes dans le but de découvrir des peuples désireux de partager leur nourriture. Ainsi elle rencontre les Genii...
1x17 : Derniers Messages - Letters From Pegasus -
1x05 : Soupçons - Suspicion -
1x06 : La Fin de l'Innocence - Childhood's End -
Après la destruction du satellite, la bataille semble perdue. L'auto-destruction de la cité est enclenchée. C'est alors que la Porte est activée; le vortex est en provenance du SGC.
1x14 : Hors d'atteinte - Sanctuary -
Les vaisseaux Wraith arrivent. L'équipe remet en marche, non sans mal, le satellite Ancien.
1x13 : Virus - Hot Zone -
1x19 : Assiègés (Première Partie) - The Siege Part 1 -
En explorant la cité, l'équipe dirigée par McKay est affectée par un virus qui leur fait voir des hallucinations avant de les tuer.
L'équipe se lance à la recherche de leurs compagnons enlevés.
1x12 : Duel - The Defiant One -
1x15 : Le Grand Sommeil - Before I Sleep -
1x11 : En pleine Tempête (Seconde Partie) - The Eye Part 2 -
Mckay apprend à l'équipe qu'ils peuvent envoyer un message sur le Terre. Ils proposent ainsi d'envoyer un S.O.S. et des messages plus personnels.
Atlantis découvre un peuple ayant développé un remède contre le pouvoir d'extraction de la force vitale par les Wraiths. Seulement ce remède n'est pas tout à fait au point. Beckett vient en aide à se peuple afin de terminer le vaccin.
1x20 : Assiègés (Seconde Partie) - The Siege Part 2 -
McKay découvre un nouveau bouclier individuel qu'il teste immédiatement sur lui-même. Or, le bouclier ne peut plus s'enlever et McKay ne peut plus boire ni se nourrir. Pendant ce temps une entité étrange est découverte dans la cité.
L'équipe semble de retour sur Terre. Cependant elle s'aperçoit rapidement que quelques différences viennent contredire ceretour sur Terre.
L'équipe explore une planète possédant un E2PZ selon la vieille Docteur Weir. Seulement l'équipe n'est pas la seule à chercher cet E2PZ.
1x16 : La Communauté des Quinze - The Brotherhood -
En explorant la cité Sheppard et son équipe découvre un labo contenant le corps d'une vieille femme prétendant être le Docteur Weir.
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