Une bombe menace Atlantis. Elle explosera dès que la porte des étoiles sera activée.
2x07 : Instinct - Instinct -
2x15 : La Tour - The Tower -
Atlantis s'allie avec un groupe de Wraiths dirigé par Michael... Mais évidemment tout ne se passe pas comme prévu...
2x10 : L'Union fait la Force (Première Partie) - The Lost Boys Part 1-
Sheppard, Teyla et Ronon ont été capturé par les Wraiths. McKay doit alors trouvé rapidement une solution pour les sauver de ce cruel ennemi.
McKay se trouve prisonnier dans les profondeurs de l'océan. Il voit alors Samantha Carter.
L'équipe d’Atlantis arrive sur une planète où la population vit en paix avec les Wraiths en leurs livrant leurs criminels aux Wraiths.
En visite sur une planète au niveau technologique peu avancé, l'équipe de Sheppard apprend qu'une bête dangereuse nommée « le Daemus » rode dans la forêt. Après quelques investigations, l'équipe découvre qu'il s'agit en fait d'un Wraith, et plus précisément d'une jeune fille Wraith qui semble en fait plutôt gentille... Elle a été élevée par un humain et se cache des autres habitants du village.
Le lieutenant Ford, en fuite depuis qu'il à été contaminé par les Wraiths, s'est réfugié sur une planète. Il a pris la tête d'un groupe de jeunes personnes elles aussi contaminées.
Atlantis essaie de sauver un peuple d'un désastre naturel : Une éruption volcanique !
Lorsqu'une réplique de la cité d'Atlantis est découverte, l'équipe de Sheppard comprend que le peuple de la planète est asservi par son propre chef qui utilise des technologies Anciennes à son avantage...
2x08 : Mutation - Conversion -
2x16 : Possédés - The Long Goodbye -
2x11 : L'Union fait la Force (Seconde Partie) - The Hive Part 2 -
2x01 : Sous le Feu de l'ennemi (Troisième Partie) - The Siege Part 3 -
2x12 : Tempus fugit - Epiphany -
2x19 : Inferno - Inferno -
2x18 : Traitement de Choc - Michael -
Après avoir été mordu au bras par un Wraith, Sheppard subit une mutation physique qui le transforme peu à peu en Wraith. Le seul moyen d’empêcher une transformation totale est de trouver un antidote. Le Docteur Beckett est donc chargé de fabriquer ce vaccin. Mais la tâche est beaucoup plus difficile qu’il n’y paraît et en plus le temps est compté…
Weir et Sheppard sont possédés par 2 êtres étrangers...
Ford et ses hommes sont très mal en point, ils se retrouvent nez à nez avec des Wraith. Ford ordonne alors de tirer, ce qui entraîne des pertes tant du coté Humains que du côté Wraith. Mais malheureusement pour Ford, il se fait attraper par un Wraith qui commence à le vider de son énergie. Mais un soldat qui se trouve juste derrière lui lance une grenade vers le Wraith, la force de l'explosion détruit la passerelle, le Wraith et Ford tombent alors dans l'océan. Puis nous retrouvons Sheppard qui est toujours à bord du Jumper pour faire exploser un des vaisseaux mère Wraith. Alors qu'il s'apprête à faire exploser le Jumper…
2x05 : Les Condamnés - Condemned -
Un jeune lieutenant, Michael, amnésique, découvre qui il est vraiment : Un Wraith !
2x06 : L'Expérience Interdite - Trinity -
L'équipe Atlantis part à la recherche de Aiden Ford qui s'est enfui après avoir été génétiquement modifié par les Wraiths.
2x17 : Coup D'État - Coup D'Etat -
2x04 : A corps Perdu - Duet -
Le Major Lorne ayant disparu, l'équipe part à sa recherche et rencontre les Geniis.
Une technologie Wraith transfère la conscience du Lieutenant Cadman dans la tête de McKay. Zelenka et McKay cherchent alors une manière de rétablir les choses.
2x02 : I.A - Intruder -
Le Dédale revient d'un voyage sur Terre, cependant un accident a lieu causant la mort de deux personnes. L'équipe d'Atlantis découvre très vite qu'un virus Wraith à été introduit dans les ordinateurs et a pris le contrôle du Dédale.
2x14 : L'ivresse des Profondeurs - Grace under Pressure -
Sheppard, Teyla, Mc Kay et Ronon survolent une planète qui semble apparemment abandonnée. Mais McKay découvre que les bâtiments de cette planète ont probablement été utilisés par les Anciens qui y faisaient des recherches sur l'énergie. Rodney décide donc de tout remettre en marche sans réfléchir aux risques que représente cette technologie… Pendant ce temps, Ronon découvre que contrairement à se qu’il croyait, son peuple n'a pas été complètement anéanti lors de l’attaque Wraith. Une poignée de habitants aurait survécu…
Lors d'une exploration, Sheppard franchit 1 mur invisible qui le transporte dans un monde dans lequel le temps s'accélère.
2x20 : Les Alliés (Première Partie) - Allies Part 1 -
2x13 : Masse Critique - Critical Mass -
2x03 : Chasse à l’homme - Runner -
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Mckay découvre qu’un vaisseau Ancien, nommé « l’Aurora », flotte dans l’espace. Weir décide aussitôt d’envoyer une équipe sur place. A l’intérieur de l'Aurora, l’équipe découvre que les membres du vaisseau (quoi sont des anciens), sont dans un état de stase et que leur cerveau est relié à une sorte de réalité virtuelle...Sheppard décide alors de rentrer lui aussi en stase dans le but d’initier un dialogue avec l’équipage du vaisseau…
2x09 : L'Aurore - Aurora -
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