3x04 : Face à Face - Sateda -
L'équipe de Sheppard doit aller sauver O'Neill et Woolsey restés sur Atlantis.
Sheppard et son équipe retrouvent Lucius…et Kolya.
Un homme mystérieux est découvert par l’équipe. Très vite, il prend le contrôle de la cité.
L'équipe explore une station sous-marine apparemment déserte.
Sheppard est fait prisonnier par les Genii. Ils veulent Ladon sans quoi un Wraith se nourrira de Sheppard.
3x06 : Le Monde Réel - The Real World -
Les expériences sur les Wraiths continuent. Ainsi Michael redevient temporairement un « humain ».
3x09 : La Machine Infernale - Phantoms -
Ronon « revit » son passé lors de son retour sur sa planète natale.
3x10 : Exil Forcé (Première Partie) - The Return Part 1-
McKay retrouve sa sœur lorsque celle-ci débarque sur Atlantis afin d’y mettre en application une de ses théories.
3x14 : Le Péril de la Sagesse - Tao of Rodney -
Alors que la porte des étoiles de la planète sur laquelle ils sont ne fonctionne plus, les membres de l’équipe commencent à avoir des hallucinations.
Le Wraith Michael est de retour et s'attaque une nouvelle fois aux membres de l'équipe.
3x01 : Menace sur la Terre (Seconde Partie) - No Man’s Land Part 2 -
3x08 : La Guerre des Génies - McKay and Mrs. Miller -
Weir revient sur Terre et apprend qu’Atlantis n’était qu’un rêve.
Alors que les habitants de la cité vaquent à leur occupation, une explosion a lieu sur Atlantis...
O’Neill annonce à l’équipe qu’il faut abandonner Atlantis.
3x18 : Immersion - Submersion -
3x12 : Le Chant des Baleines - Echoes -
3x20 : Nom de Code : Horizon (Première Partie) - First Strike Part 1-
3x11 : Exil Forcé (Seconde Partie) - The Return Part 2 -
3x07 : Intérêts Communs - Common Ground -
3x17 : Une Question d’éthique - Sunday -
3x13 : Invincible - Irresponsible -
Rodney devient plus intelligent. Malheureusement pour lui, cette nouvelle intelligence risque de lui être fatale...
3x16 : Ames en Détresse - The Ark -
Les membres de la cité tombent malades à l'approche de baleines vers Atlantis.
Des êtres en état de stase sont menacés d'extinction à cause de leur système de cryogénisation qui ne fonctionne plus.
3x02 : Transformation (Troisième Partie) - Misbegotten Part 3 -
3x03 : Irresistible - Irresistible -
L’équipe rencontre les Assurans qui ont eu aussi une cité qui peut voler.
3x05 : Copies Conformes - Progeny -
Les Wraiths continuent leurs attaques... Pendant ce temps Rodney et Ronon toujours prisonniers du vaisseau rûche tentent de s’en échapper.
3x19 : L’équilibre parfait - Vengeance -
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Depuis leur arrivée sur Atlantis, Rodney et Sheppard s'amuse à un jeu comparable aux Sims. Ils créent donc leurs propres mondes avec leurs propres habitants et John et Rodney décident de se "déclarer" la guerre. Hélas les peuples simulés existent vraiment.
3x15 : Les Jeux sont faits - The Game -
Alors que les Assurans préparent une flotte dans le dessein de détruire Atlantis, la Terre décide de les attaquer.
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