5x19 : Las Vegas - Vegas -
5x11 : La Tribu Perdue - The Lost Tribe -
5x13 : Inquisition - Inquisition -
5x05 : Les Fantômes du passé - Ghost in the Machine -
5x17 : Entre la vie et la mort - Infection -
5x09 : Jeu de Piste - Tracker -
5x03 : Une Question d'Honneur - Broken Ties -
5x01 : La vie avant tout - Search and Rescue -
5x15 : Les Sekkaris - Remnants -
5x07 : Les Démons de la Brume - Whispers -
5x02 : Contamination - The Seed -
5x16 : Rendez-Vous Glacial - Brain Storm -
5x08 : La Nouvelle Reine - The Queen -
5x20 : L'Empire Contre-Attaque - Ennemy at the Gate -
5x12 : Les Balarans - Outsiders -
5x14 : Le Fils Prodigue - The Prodigal -
5x06 : Seconde Enfance - The Shrine -
5x04 : Tous les possibles - The Deadalus Variations -
5x10 : Premier Contact - First Contact -
5x18 : Identité - Identity -
Todd contacte Atlantis afin de leur demander de l'aide.
Keller est kidnappée par un "Coureur". L'équpe se lance alors à sa recherche.
Ronon est capturé par les Wraith qui veulent lui faire subir un lavage de cerveau.
Le Docteur Weir tente de communiquer à travers le Réplicateur Fran conçut un an plus tôt par McKay.
Atlantis doit justifier ses actes des cinq dernières années devant une coalition d'êtres humains.
A  Las Vegas, le Detective John Sheppard enquête sur un tueur en série.
Daniel Jackson et McKay sont prisonniers de nouveaux ennemis...
L'équipe de Sheppard doit évacuer d'urgence une planète ayant résisté à la drogue des Hoffans.
Les Wraiths lancent une attaque contre la Terre. Atlantis tente de les arrêter.
 
Cet épisode est le dernier de Stargate Atlantis
McKay est frappé d'un virus ressemblant au virus d'Alzheimer; il perd très vite la mémoire et son intelligence devient sembable à celle d'un enfant.
Michael réussit à s'infiltrer dans la cité et à en prendre le contrôle.
Sheppard, Beckett et une équipe d'exploration explorent un ancien laboratoire Wraith.
Sheppard est enlevé par un ennemi qu'il ne pensait ne plus jamais revoir. Parallèlement, Atlantis fait une découverte incroyable sur une race ayant vécue sur la planète.
McKay retourne sur Terre afin d'assister à une démonstration scientifique dirigée par son rival.
Grâce à Teyla, Atlantis tente des négociations avec des Wraiths.
Une inconnue prend le contrôle du corps de Keller
Daniel Jackson se rend sur Atlantis afin d'y effectuer des recherches sur Janus.
Le Dédale est mystèrieusement retrouvé abandonné.
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Lorsque Keller est frappée d'incapacité, l'expédition décide de sortir le Docteur Beckett de sa stase. Parallèlement, Richard Woolsey arrive sur Atlantis afin d'en prendre le commandement.
Après le problème avec Michael, Carter ordonne une mission de secours.
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